Tematy badawcze Jana Ziolkowskiego skupiają się na średniowiecznej literaturze łacińskiej, w tym analizie poezji liturgicznej, przekładów klasyków antycznych na język średniowieczny oraz wpływu chrześcijaństwa na twórczość literacką. Dominuje u niego podejście interdyscyplinarne, łączące filologię, historię kultury i cyfrowe humanistyki. Kluczowe obszary to edycja krytyczna manuskryptów (np. z klasztorów benedyktyńskich), studia nad recepcją Owidiusza czy Wergiliusza w średniowieczu, oraz rola muzyki w tekstach religijnych. Te tematy są rozwijane w projektach jak "Medieval Latin Studies Initiative", służąc jako podstawa kursów uniwersyteckich.

Główne projekty badawcze ruchniewicz instytut pileckiego obejmują dokumentowanie historii obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau ze szczególnym uwzględnieniem raportów Witolda Pileckiego. Inne projekty to:

- Analiza archiwów dotyczących oporu polskiego podczas II wojny światowej.

- Badania nad skutkami komunizmu w Europie Środkowej.

- Digitalizacja dokumentów historycznych dla łatwiejszego dostępu online.

Projekty są finansowane przez granty rządowe i współpracę międzynarodową, a wyniki publikowane w rocznikach instytutu i na stronie internetowej.