Jan Ziolkowski zrewolucjonizował mediewistykę poprzez wprowadzenie interdyscyplinarnych metod łączących filologię, historię i technologię cyfrową. Jego badania nad manuskryptami zaowocowały projektami jak "Digital Loeb Classical Library", które udostępniają źródła online, ułatwiając analizę studentom i badaczom. Wprowadził nowe podejścia do interpretacji tekstów średniowiecznych, akcentując ich kontekst kulturowy i społeczny. To pomogło odnowić zainteresowanie literaturą łacińską w szkołach wyższych. Ziolkowski współpracuje też z międzynarodowymi instytutami, np. Monumenta Germaniae Historica, promując globalny dialog naukowy.