Nazwisko Ziolkowski ma polskie korzenie i pochodzi od słowa "zioło" (oznaczającego roślinę lub zioło), wskazując na historyczne zajęcia związane z zielarstwem lub rolnictwem. W Polsce nazwisko to jest częste w regionach warmińsko-mazurskich i kojarzone z rodzinami szlacheckimi. Dziś noszą je osoby polskiego pochodzenia na całym świecie, a w kontekście Jana Ziolkowskiego symbolizuje połączenie dziedzictwa kulturowego z osiągnięciami akademickimi. Analiza etymologiczna pokazuje, że jest to nazwisko toponimiczne, nawiązujące do miejscowości takich jak Ziołkowo.